根据职责，市工业和信息化委员会内设21个职能处室。
（一）办公室
负责机关日常运转工作；承担机关各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的会务组织工作；承担文电、机要、档案、督查、人口与计划生育、政务公开、保密、保卫、扶贫等工作；承担机关后勤、财务和资产管理等工作；负责推进、指导、协调、监督本部门、本系统的政府信息公开工作。
（二）组织人事处
协助委党委管理直属单位领导班子和干部队伍建设；负责委机关和直属单位的机构编制、人事管理；指导直属单位的党建工作；承担委机关、直属单位出国人员的政审工作；负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
（三）综合处
提出工业和信息化发展的政策建议；提出推进产业结构调整、工业与相关产业融合发展及管理创新的政策建议；拟订产业结构调整目录，制定相关行业淘汰落后产能计划和准入条件并组织实施；承担重要文件及综合性文稿起草工作；负责党政信息编报，议案回复，大事记、年鉴、市志编撰工作；组织、协调委机关内综合性调研活动；负责对外宣传及新闻发布；组织开展市工业发展奖励政策兑现工作；承担市工业领导小组办公室的日常工作。
（四）法制处
拟订工业和信息化、中小企业和非公有制经济地方性法规、规章并组织实施；对委系统行政执法情况进行监督检查；负责委系统规范性文件的审查清理；承担相关行政复议、行政应诉工作；承担综治、信访、普法、依法治市、法治南昌建设相关工作；管理指导行业协会，推进行业协会及行业自律机构的建设。
（五）科技处
组织实施行业技术基础工作；推动技术创新和产学研相结合；参与组织重大科技成果产业化示范工程；指导企业技术中心建设工作；指导企业质量管理工作。
（六）经济运行处
建立工业经济运行监测网络，监测、分析经济运行速度和效益，并进行预测预警和信息引导；负责经济运行调节，协调解决经济运行中的有关问题并提出政策建议；负责制定全市工业经济发展年度目标并分解考核；负责工业应急管理、产业安全和国防动员有关工作；负责委属单位安全生产工作。
（七）运输协调处
负责集装箱运输和联运管理的综合协调；负责铁路客货运输、春节及节假日旅客运输的综合协调；负责铁路专用线和企业自备货车运输的综合协调。
（八）节能与资源综合利用处
拟订并组织实施能源节约和资源综合利用、清洁生产促进政策；审核工业资源综合利用技术改造项目和资源消耗项目；组织协调相关重大示范工程和新产品、新技术、新设备、新材料的推广应用；承担全市节能监察工作；承担新型墙体材料、散装水泥和预拌混凝土、预拌砂浆的行政管理和执法工作。
（九）投资规划处
组织拟订全市工业和信息化发展战略、规划；负责全市工业和信息化企业技术改造工作；按照规定权限审批、核准、备案工业固定资产投资项目（主要指技术改造投资项目）；承担省工业和信息化委员会审批、核准的投资项目的审核、申报工作；负责监督工业和信息化项目的招标投标活动；负责工业和信息化项目库的建设，制定并公布项目投资指导目录；承担市制造业专项资金管理办公室的日常工作。
（十）重点企业处
拟订并组织实施扶持重点工业企业的政策措施；负责市重点工业企业的认定；建立政府与重点工业企业之间的联络沟通和信息服务平台；监测、分析重点工业企业经济运行态势；协调解决重点工业企业发展过程中的困难和问题，协调有关部门优化重点工业企业生产经营环境；组织实施重点工业企业经营管理人员培训工作；为企业家提供服务，加强企业家队伍建设；指导、协调市企业联合会的工作；承担产业配套工作；承担汽车、民用飞机、民用船舶、机械、专用设备制造业等装备工业的行业管理工作；监测分析行业运行情况及发展动态，协调解决重大问题；提出重大技术装备发展和自主创新规划、政策建议并组织实施；指导引进重大技术装备的消化创新，推进重大技术装备国产化；承担市推进大飞机项目协调服务工作领导小组办公室的日常工作。
（十一）产业招商处
承担全市工业和信息化的招商引资工作；负责工业和信息化招商项目库的建设；参与拟订工业和信息化企业利用外资的有关政策及利用外资的重点领域、重点项目规划，并组织实施；监测、分析工业出口企业运行情况，提出扶持工业出口企业的政策建议并组织实施；承担全市工业和信息化重大项目的考核推进、协调服务工作；组织协调企业开展对外经济技术交流与合作；组织协调企业参加国内外大型展会；促进企业提质创牌，进行品牌营销；承担市“3010”工程领导小组办公室的日常工作。
（十二）行业管理处
承担钢铁、有色、稀土、化工、建材等原材料工业的行业管理工作；承担轻工、纺织、食品、医药、家电等消费品工业的行业管理工作；监测分析行业运行情况及发展动态，协调解决重大问题；拟订并组织实施行业规划、政策、规章，引导行业合理布局；负责开办农药生产企业和有关农药产品生产的审核和监控化学品的管理工作；负责中药材生产扶持项目的管理工作。
（十三）新兴产业处
负责工业和信息化领域的光伏、LED等新兴产业的培育与行业管理工作；承担电子信息产品制造、软件和信息服务业的行业管理工作；监测分析行业运行情况及发展动态，协调解决重大问题；拟订并组织实施行业规划、政策、规章，引导行业合理布局。
会同有关部门研究制定地方信息服务资费政策与收费标准；组织推进软件和信息服务业基地、园区建设；负责软件企业认定和软件产品登记；推动软件公共服务体系建设；推进软件服务外包；承担市软件产业发展工作领导小组办公室的日常工作。
（十四）工业园区处
负责对全市工业园区的综合协调和指导服务；拟订全市工业园区发展规划、扶持政策并组织实施；监测分析工业园区运行态势；负责产业基地的扶持培育和评估认定；组织实施生态园区和数字园区建设；组织实施工业园区的考核工作；承担市工业园区工作领导小组办公室的日常工作。
（十五）非公经济发展处
拟订全市非公有制经济中长期发展规划、扶持政策并组织实施；监测和分析非公有制经济运行态势；组织实施对全市非公有制经济工作的年度目标考评；组织协调、指导推动全市全民创业工作；研究制定全民创业政策、工作目标；组织实施创业企业的扶持、培育工作；负责小企业创业基地建设；建立和完善全民创业项目库，定期发布创业项目和信息；负责全民创业年度目标考核；组织开展全民创业宣传及表彰工作；承担市促进非公有制经济发展领导小组办公室、市全民创业工作领导小组办公室的日常工作。
（十六）中小企业处（市减轻企业负担工作领导小组办公室）
拟订全市中小企业中长期发展规划、扶持政策并组织实施，负责推动中小企业成长工程；负责中小企业技术改造工作；推进中小企业服务体系及信用体系建设，整合社会各类资源，培育服务中小企业的社会机构；开展对中小企业各类人员的培训；落实国家和省扶持中小企业发展的政策措施；指导市中小企业信用促进会工作；指导市中小企业法律服务中心工作；受理企业的投诉、举报，协调解决企业的困难和问题；承担市减轻企业负担工作领导小组办公室的日常工作。
（十七）企业融资担保处
承担中小企业信用担保行业管理工作；负责对中小企业信用担保机构设立的前期审核、日常业务监管工作；监测分析中小企业信用担保行业运行情况；拟订扶持中小企业信用担保行业发展的政策并组织实施；协调促进金融机构与中小企业信用担保机构的合作；组织实施对中小企业信用担保机构考核及风险补偿工作；提出改善中小企业融资环境的政策建议，协调解决中小企业融资的有关问题；指导全市中小企业信用担保机构和市担保行业协会业务工作；承担市中小企业融资工作联席会议办公室的日常工作。
（十八）信息化推进处（市信息化领导小组办公室）
拟订全市信息化总体规划并组织实施；拟订全市信息化建设的政策；统筹规划和管理信息化建设发展专项；负责推进无线宽带城市的建设；负责推进电子商务、企业和农村等各领域信息化的应用工作；承担市信息化领导小组办公室的日常工作。
（十九）电子政务管理处
负责统筹管理全市信息资源的开发利用，推动跨部门、跨行业、跨领域的互联互通和业务协同；负责统筹指导全市电子政务工作；管理全市党政信息网络建设；负责推进“数字南昌”建设；承担“数字南昌”项目推进工作小组办公室的日常工作。
（二十）信息安全协调处
负责统筹规划全市信息网络建设，推进“三网融合”；负责统筹全市通信管线资源；负责推进全市计算机信息网络系统的安全认证体系建设；承担信息安全应急协调工作；负责监督管理全市信息安全系统和产品的认定、测评和应用工作；负责全市无线电管理协调工作；负责“中国南昌”门户网站体系的规划、管理、考评工作；负责对党政部门在国际互联网上注册域名的审核、登记和管理。
（二十一）行政审批服务处
负责本部门简易审批事项的审批；受理、协调部门内部对复杂审批事项的联合审批事项的办理和服务。
机关党委 负责委机关和下属单位的党群工作。
纪委（监察室） 为市纪委（市监察局）的派驻机构。